추정이익 적용사유 및 적용요건에 관한 첫 번째 대법원 판결은 대법원 2008. 12. 11. 선고 2006두16434 판결이다. 대법원 2008. 12. 11. 선고 2006두16434 판결 에서는 납세의무자가 상속세 신고한 비상장주식의 평가가 다투어졌는데, 해당 비상장법인은 특별손익의 최근 3년간 가중평균액이 경상손익의 최근 3년간 가 중평균액의 50%를 초과하는 상태이었다.

즉, 추정이익 적용사유가 존재하였 다.37) 과세관청은 납세의무자가 추정이익의 신고를 하지 않았음을 이유로, 과거 손익 가중평균 방법에 따라 비상장주식을 평가하여 상속세 부과처분을 하였다. 즉, 과세관청은 추정이익 적용요건이 갖추어지지 않았다는 점을 과거손익 가중 평균 방법의 소극적 요건으로 삼은 것이다. 이와 같은 사실관계 아래에서 대법원 2008. 12. 11. 선고 2006두16434 판결은 과거손익 가중평균 방법에 기초한 상속세 부과처분을 위법하다고 보았다. 즉, 추정이익 적용요건이 갖추어지지 않았더라도 추정이익 적용사유가 존재하는 이상, 과거손익 가중평균 방법을 적용하여서는 안 된다는 것이다. 대법원은 자 세한 판시 이유를 설시하지는 않았으나, 그 판결 내용은 추정이익 적용사유가 과거손익 가중평균 방법을 적용하기에 적절하지 않은 경우임을 전제하였다.

이 러한 관점에서 보면, 대법원 2008. 12. 11. 선고 2006두16434 판결은 추정이익 적 용사유 및 적용요건에 관한 해석 방향을 처음으로 제시하였다는 점에서 중요한 의미를 갖는다 지금까지 살펴보았듯이 대법원은 2012년에 선고된 일련의 판결을 통하여 대 법원 2008. 12. 11. 선고 2006두16434 판결의 입장을 명확히 하였다. 이후 조세심 판원 역시 종전 입장을 바꾸어 대법원 판례와 동일한 내용의 결정을 하여 왔다. 대법원 판례의 핵심을 요약하면, 추정이익 적용사유가 존재하는 이상 과거손익 가중평균 방법을 적용할 수 없고, 이는 추정이익 적용요건이 갖추어지지 않더 라도 마찬가지라는 것이다.

반면 과세관청은 추정이익 적용요건을 과거손익 가 중평균 방법의 소극적 요건으로 보아 왔으며, 대법원 판례와 조세심판원 결정 에도 불구하고 “추정이익 적용요건이 모두 갖추어져야만 비로소 추정이익 방 법을 적용할 수 있다”라는 입장을 유지하고 있다. 결국 대법원 판례와 과세관청 입장의 가장 큰 차이는, 추정이익 적용요건과 과거손익 가중평균 방법의 관계에 대한 해석 방법이다. 대법원은 추정이익 적 용요건이 충족되지 않더라도 과거손익 가중평균 방법이 적용되지 않는다고 본 반면, 과세관청은 추정이익 적용요건이 충족되지 않을 경우 과거손익 가중평균 방법을 적용하였다. 이와 같은 입장 대립은, 추정이익 적용요건과 과거손익 가 중평균 방법의 관계에 대한 시각 차이에서 비롯된다.

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